Юи отдала душу по собственной воли, четко понимая что она хочет сделать и считая что об Синдзи позаботится отец. Полное растворение в еве.
Кьеко скорее всего отдала тоже по доброй воле, но отца у Аски не наблюдалась-и она не была уверенна на 100%, она хотела и остаться с дочерью тоже. Как результат-слияние было не полное. Тело не растворилось в еве а душа оказалась "расколота" на 2 части-часть осталась в еве а часть-в обезумевшем теле. Разум был потерян, осталось только чувство любви-и то засбоило-признав дочерью куклу и отвергнув дочь настоявшую. Этим можно обьяснить и большую "пассивность" второй евы относительно первой.
Вполне возможно что психологи "генрих" просчитали варианты и решили что одноразовое "самоубийство" матери не повредит карьере Аски в качестве пилота-возможно даже подтолкнет. С другой стороны постоянное "общение" с матерью снесет крышу Аске насовсем и желания лезть в еву у нее не будет-как результат-потеря евангелиона или по крайней мере части его боевых способностей из за синхронизации с "безразличным" (для резидентной души) пилотом
Данное рассуждение относится к оригинальному сериалу и фильму и вполне возможно что у вас сложится другое мнение. но мне думается что все обстояло именно так.