Я думаю что изначально в теле Рэй-ребенка доминировала душа Юи, которая впоследствии была вытеснена Собственной душей Рэй. От души Юи и остались некторые доминаты поведения-любить Гендо, по матерински относится к Синдзи, которые в дальнейшем были пересмотрены на основе собственного опыта. Ибо они были не намертво вшитой программой, а просто вложенными в несформировавшуюся на тот момент личность ребенка. Как скажем вкладывали во всех пионеров любовь к коммунизму и ненависть к капитализму. Главное что Рэй сама поняла кто она и чего хочет. Только вот осуществить до конца не удалось.