Э, солдатам видимо сказали, что теперь НЕРВ хочет устроить Третий Удар, соответственно, весь персонал, особенно пилоты и командование - теперь враги. А задача солдата какая - исполнять приказ.
Соответственно, солдат, стреляющий в Мисато и Синдзи, реально думает, что с их смертью удастся НЕРВ остановить и предотвратить Третий Удар. Такая-же жертва СЕЕЛЕ, что и Синдзи, Мисато и прочие.