По порядку:
Вероятность практически равна нулю. Если даже Рей родилась одновременно с Синдзи, то держали ее в запертой комнате (нам ее показывали), вдали от общества. Ее появление произошло лишь после "смерти" Юй и отъезда Синлщи. А все потому, что Рей - большой секрет Гендо.
По плану СЕЕЛЕ - нет, по плану Гендо - да. СЕЕЛЕ изначально даже не подозревали, что из себя представляет Рей. Им нужна была душа Лилит и плоть ее, и они наивно полагали, что все это распято в конечной Догме. Гендо же знал тайну души Рей и собирался использовать ее в своих целях, для чего и готовил с момента ее появления (не на свет, а на людях, хотя не исключен некий план Юй с задействованой в нем Рей). По плану Гендо Рей должна была дать ему контроль над комплементацией, а сама собрать души всех людей (вместе с Адамом).
Очень сложный вопрос, потому что мы утыкаемся в саму природу синхронизации. Все представляют, что это, но никто не может объяснить, как это работает. Связка действует между душой пилота, разумом Евы и ее же душой (считается, что в Евах находятся резидентные души, что в Еве-00 никто не знает). Рей в силу ее природы (чужая душа и полимерное сознание) не может полностью осознавать свое "Я" (иначе она сразу бы обладала силой Лилит), видимо, отсюда неспособность полностью отдаваться Еве с позиции души.