Справедливости ради, облака могут быть одновременно и на разных высотах.
Но вопрос дыхания и температуры правда непонятен, если только вокруг не поддерживается какое-то поле, которое не только удерживает пирамидку на ножке, но и сохраняет внутри условия для какой-никакой жизнедеятельности.
Они и сидели изначально в этой перевернутой пирамиде. Для сравнения:
Сцена прибытия Синдзи в Геофронт
Сцена демонстрации Каору руин Токио-3
Сцена взлета пробудившейся Евы-13 с Марком-09