Его план состоял в том, что бы вернуть Юи взяв контроль над процессом комплаймента. Соответственно, до того, как Юи растворилась при испытаниях ни о каком своём плане не могло идти серьёзного разговора. Если у кого-то вообще были серьёзные планы на тот момент, то только один плану у Комитета SEELE; второй у Юи насчёт Сина в который она не кого не посявящала. В целом, до момента растворения жены Гендо - всё шло по единому плану.
Гендо мог не задаваться такими вопросами. Вероятно, Гендо после смерти Юи немножко сошёл с ума и натворил непонятных действий, логика которых до конца не ясна. А когда уже отошёл после смерти любимой, не мог в глаза сыну смотреть. Боялся он его. Может у него совесть была? В конце Конца Евангелиона говорят про первое. По крайней мере, тот факт, что он не рассматривал вариант с лояльным Синдзи говорит в пользу этого. Ему действительно было бы гораздо полезнее быть блее близким сыну. Если не с точки зрения семейных отношений, то хотя бы с точки зрения манипуляций с людьми.