ИМХО, как минимум официально Мари за IPEA, иначе кто бы пустил её в их Еву. С другой стороны, неофициально она за кого-то ещё, но точно не за NERV, иначе бы не таилась от них. Вполне возможно, что и за SEELE, так как связана с Кадзи, а он в том числе и агент SEELE. Либо они с Кадзи ведут свою игру (и скорее всего даже каждый из них свою, используя друг друга, если судить по более новым субтитрам). И если цель Кадзи здесь ясна - узнать правду, то цель Мари пока выглядит очень туманно... Хотя есть ещё такая мысль - учитывая, как ей нравилось пилотировать, может, под "использованием взрослых" она имела в виду использование связи с Кадзи для того чтобы её позволили сесть в Еву, взамен чего она её уничтожает (взаимовыгодное сотрудничество). Тогда у них одна цель, а точнее цель у Кадзи, а Мари ему помогает только потому, что это позволяет кататься на Евах.
PS. Тут намешаны мысли в странном порядке, так как записывались по мере поступления в голову.