Все различия сериальной концовки и EoE, которые имеют место быть, объясняются тем, что 2 года прошло. Во-первых, хоть Анно и планировал завершить чем-то вроде EoE, это не значит, что был готов сценарий. Во-вторых, ранее по теме упоминалось, что финансирование урезали ещё после 18 серии, разумеется сценарий 25-26 (нынешнего EoE) был ещё хорошо если в виде пары набросков, а в связи с новыми обстоятельствами стали писать новый сценарий (и вряд-ли задумывались, что "через пару лет переснимем как надо, поэтому не делаем никаких расхождений"). А за прошедшие после выхода сериала два года сколько новых идей и просто мыслей может прийти в голову укуренному гению? Не будет же он отказываться от какой-то идеи, если счёл её хорошей, только потому, что придумал её уже после выпуска сериала, а значит в сериале нет на неё ни намёка.
То есть конкретно:
1995 год, сценарий готов до 24 серии и ВДРУГ урезают бюджет. Становится ясно, что мега-эпичную концовку с Рэй на пол планеты не снять, поэтому для неё сценарий даже не пишут. Начинают думать, что можно сделать при наличии отсутствия денег и пишут другой сценарий. По нему снимают 25-26 серии.
1997 год, сериал стал неожиданно популярным и принёс неплохие деньги. Вах, да на эти деньги же можно полнометражку снять! Начинаем писать сценарий для полнометражки по начальному плану. Так, с чего бы начать... О, пусть Синдзи заёдет в палату к Аске и... как это не было в сериале такого? Ну да, тут расхождение между сериалом и ЕоЕ. Но когда концовку сериала снимали, никто же не думал, что через два года мы ЕоЕ снимем, главное было хоть чем-нибудь сериал закончить.
Мысль ясна? Когда концовка сериала снималась, сценарий ЕоЕ ещё не был написан, и вообще кто мог подумать, что нужно подстраиваться под полнометражную концовку, которую снимут два года спустя.
По-моему, я написал три раза одно и то же, но я такой сонный просто сейчас...