Опять же, если трактовка слова вызывает сомнения, смотрим пример употребления. Например, вбиваем в Гугл "私そのもの" и находим статью под заголовком "ブログは私そのもの". Как думаешь, заголовок подразумевает "я - блог" или все же имелось ввиду что-то в духе "блоги - моя жизнь"? Другой пример - в четвертой главе Ef, рассказывается о неком скрипаче Кудзэ и есть сцена где он пытается всучить свою любимую скрипку некой Мидзуки. Та отказывается и поясняет свое решение "あれは久瀬さんそのものですから". Думаю, понятно что имелось ввиду не дословное "скрипка, это вы сам, Кудзэ-сан", а огромная роль скрипки в жизни Кудзэ-сана. Вот и здесь тоже самое. На сколько я понимаю, если "そのもの" относится к Синдзи, получается отсылка к огромной роли Рей в жизни Синдзи. Разумеется, не обязательно романтической - с блогами и скрипками из примеров выше никто ведь романов не заводит.